Für Faraja Health Care besteht nicht die Möglichkeit, sich aus eigenen finanziellen Mitteln zu entwickeln. Dies ist u. a. auf die Armut der Bevölkerung zurückzuführen. Kleine, autonome Krankenhäuser erhalten grundsätzlich keine staatlichen Subventionen und müssen sich anhand der Einnahmen durch ihre Leistungen gänzlich eigenfinanzieren. Somit ist Faraja Health Care einzig und allein von den Barzahlungen seiner Patienten abhängig. Täglich werden jedoch Patienten behandelt, die im Nachhinein nicht in der Lage sind, den vollen Preis für ihre Behandlung und erhaltene Medikation zu zahlen. Dann hat Dr. Minja keine andere Wahl, als die Preise an die jeweilige Zahlungsfähigkeit des Patienten anzupassen und entsprechend zu reduzieren. Bei stationären Patienten passiert es häufig, dass sie nach einer tage- und wochenlangen Behandlung akut die Flucht antreten, um einer Bezahlung auszuweichen. In solchen Fällen bleiben die Kosten vollständig ungedeckt.
Um die ohnehin schon niedrigen Behandlungspreise für seine Patienten weiter zu reduzieren, versucht das Team die Ausgaben für alltägliches Verbrauchsmaterial auf ein Minimum zu reduzieren. So werden beispielsweise Wattetupfer, Kompressen und Medikamententüten mit Papier und Schere selbst hergestellt und für Stuhl- und Urinproben werden leere Medikamentendosen verwendet.
Ein Großteil der Krankenhauseinrichtung wie bspw. Behandlungsstühle /-tische, Infusionsständer, Rollstühle und Betten sind selbstgezimmert. Auf diese Weise können Kosten eingespart werden und die Behandlungspreise um das Dreifache geringer gehalten werden als es in den staatlichen Krankenhäusern der Fall ist.
Aufgrund der finanziell erschwinglichen Behandlungspreise kommen die Patienten selbst aus Kenia angereist; eine medizinische Behandlung in den staatlichen Kliniken können sich viele nämlich nicht leisten.